Завідувач відділу – акад. НАН України В. М. Шестопалов
Вчений секретар відділу – к.г.-м.н. І. П. Онищенко
У відділі гідрогеологічних проблем працює 29 співробітників, в тому числі один академік НАН України, 1 доктор та 9 кандидатів наук.
Відділ включає в себе лабораторії радіоізотопних методів досліджень в гідрогеології, гідрохімічну, мінеральних вод, моделювання гідрогеологічних процесів.
Відділ гідрогеологічних проблем проводить дослідження у таких напрямах:
— вивчення водообміну та ресурсів підземних вод у гідрогеологічних структурах;
— дослідження мінеральних вод України;
— вивчення міграції забруднювачів (радіонуклідів, пестицидів тощо) у підземній гідросфері; моделювання процесів їх міграції від земної поверхні у підземні води і прогноз поведінки забруднювачів у багатошаровій гідрогеологічній системі;
— створення регіональних і локальних моделей багатошарових гідрогеологічних структур із відповідним математичним забезпеченням;
— дослідження у галузі раціонального використання та охорони підземних вод;
Основні досягнення.
Створення гідрогеологічної моделі "Великого Києва" з метою вивчення гідрогеологічних умов у зоні впливу водозаборів міста та оптимізація питного водопостачання населення Київської промислово-міської агломерації за рахунок підземних вод високої якості.
Підготовка "Концепції питного водопостачання м. Києва до 2020 р.", яка увійшла в Генеральний план розвитку столиці України.
Розробка концепції міграційної неоднорідності геологічного середовища та наявності у ньому зон аномально швидкої міграції речовини (зокрема забруднювачів).
Розробка нової класифікації мінеральних вод України.
Завідувач відділом академік НАН України В.М. Шестопалов у 2002 р. нагороджений орденом "За заслуги" 3-го ступеня.
Співробітникам відділу академіку НАН України В.М. Шестопалову, пров.н.с. А.О. Сухореброму та ст.н.с. В.В. Гудзенку у 2004 р. присвоєно Державну премію України за цикл робіт "Водообмін у гідрогеологічних структурах України (наукові основи формування ресурсів підземних вод як джерела якісного питного водопостачання та раціонального господарського водокористування)".