Завідувач відділу – д.г.-м.н, проф. М С. Огняник
Вчений секретар відділу – к.геол.н О. М. Шпак
У відділі охорони підземних вод працює 21 співробітник, в тому числі 1 доктор та 3 кандидати геолого-мінералогічних і геологічних наук. До складу відділу входить акредитована лабораторія нафтохімічних досліджень геологічного середовища. З 2004 р. відділу підпорядкована гідрогеологічна стаціонар-лабораторія «Феофанія».
Завідуючий відділом професор М.С. Огняник є лауреатом Державної премії України в галузі науки і техніки (2004 р.) за цикл робіт «Наукові основи формування ресурсів підземних вод як джерела якісного водопостачання та раціонального водокористування».
Основним науковим напрямком роботи відділу є розробка методологічних основ вирішення проблем охорони і раціонального використання підземних вод, що включає:
— виявлення закономірностей формування підземних вод в залежності від геолого-гідрогеологічних умов та дії техногенних факторів;
— створення постійно діючих гідрогеологічних моделей;
— розробка методів картування, прогнозування та спостережень за режимом підземних вод;
— дослідження процесів міграції забруднювачів (насамперед нафтопродуктів) та визначення міграційних параметрів в породах зони аерації, водоносних горизонтах і роздільних слабкопроникних шарах;
— оптимізація розвідки осередків забруднення та санаційних робіт на забруднених територіях.
Відповідно до «Угоди між Україною та США щодо надання допомоги Україні в ліквідації стратегічної ядерної зброї, а також запобігання розповсюдженню зброї масового знищення» від 25.10.93 р., починаючи з 2000 р. виконано еколого-геологічне обстеження військових аеродромів в мм. Б. Церква, Узин, Прилуки, Полтава, Миколаїв та ін. з метою оцінки впливу на природне середовище наслідків ліквідаційних робіт.
На основі результатів багаторічних досліджень, проведених співробітниками відділу на військових об’єктах, розроблено «Методику обстеження еколого-геологічного стану територій військових об’єктів».
За програмою, розробленою у відділі і узгодженою з Мінприроди та службою екологічної безпеки Міноборони України, в районі складу паливно-мастильних матеріалів аеродрому «Кульбакине» (м. Миколаїв) упродовж 2002—2006 рр. проведено комплекс польових та лабораторних досліджень, що передували і супроводжували довготривалу дослідно-експлуатаційну відкачку лінзи авіаційного гасу. Вперше в Україні таку масштабну роботу виконували не лише заради реабілітаційного ефекту, а ще й для того, щоб на основі зібраних матеріалів розробити науково обґрунтовану методику розвідки та вилучення мобільного гасу лінз, які в наш час існують в межах більшості об’єктів нафтопродуктозабезпечення.
Розроблено та експериментально підтверджено методику визначення за вимірами у спостережних свердловинах дійсної потужності шару легких нафтопродуктів (НП), що формується через втрати з інженерних споруд, призначених для транспортування та зберігання НП, у ґрунтовій товщі на покрівлі непроникного шару або на рівні ґрунтових вод.
Разом з НВП «Еконіка» розроблено та атестовано (затверджено) у Дослідному центрі «Екологія» при Одеському національному політехнічному університеті «Методику виконання вимірювань масової концентрації нафтопродуктів у ґрунті автоматичним аналізатором «Мікран».
«Методику еколого-геологічного обстеження територій військових аеродромів, де виконується ліквідація стратегічних авіакомплексів та їх інфраструктури» затверджено Міністерством оборони України й прийнято до впровадження у ДП МО «Центральний проектний інститут» (ЦПІ).
У 2001—2010 рр. співробітниками відділу опубліковано 40 статей, 2 брошури та 1 монографію.