Структура інституту включає наступні наукові підрозділи:

ВІДДІЛЕННЯ СТРАТИГРАФІЇ ТА ПАЛЕОНТОЛОГІЇ

Відділ стратиграфії та палеонтології палеозойських відкладів

Відділ стратиграфії та палеонтології мезозойських відкладів

Відділ стратиграфії та палеонтології кайнозойських відкладів

ВІДДІЛЕННЯ ЗАГАЛЬНОЇ ГЕОЛОГІЇ

Відділ геології  антропогену

Відділ геоекології та пошукових досліджень

Відділ геології  корисних копалин

Відділ геології та геоекології Антарктики

ВІДДІЛЕННЯ ПАЛИВНО-ЕНЕРГЕТИЧНОГО КОМПЛЕКСУ

Відділ геології  нафти та газу

Відділ геології  вугільних родовищ

ВІДДІЛЕННЯ ГІДРОГЕОЛОГІЇ ТА ІНЖЕНЕРНОЇ ГЕОЛОГІЇ

Відділ гідрогеологічних проблем

Відділ охорони підземних вод

Відділ інженерної геології

Лабораторія фізичних методів досліджень

ВІДДІЛЕННЯ ЛІТОЛОГІЇ, ГЕОЛОГІЇ МОРІВ ТА ОКЕАНІВ

Відділ сучасного морського седиментогенезу

Відділ літології